Malgré les mesures prises pour rééquilibrer le régime général et en dépit de la reprise par l'État de 16,77 milliards d'euros (110 Mds de francs) de dette en 1993, la Sécurité Sociale présentait un fort besoin de financement en 1996.

La CADES a donc été créée par l'ordonnance du 24 janvier 1996 afin de refinancer le prêt de 21,34 Mds d'euros (140 Mds de francs) fait par la Caisse des dépôts et consignations à l'ACOSS et d'apurer cette dette dans un délai de 13 ans et 1 mois au moyen des ressources qui lui ont été affectées.

La CADES devait, en outre, verser annuellement jusqu'en 2008 1,91 Md d'euros (12,5 Mds de francs) à l'État en compensation des 16,77 Mds d'euros qu'il a repris à son compte. Le rythme de ce versement a évolué et est maintenant de 3 Mds par an jusqu'en 2005 seulement.

Ses ressources sont essentiellement constituées par la CRDS, impôt à assiette large portant sur l'ensemble des catégories de revenus de l'activité et du capital.

Les déficits de la Sécurité Sociale se sont maintenus au-delà de 1997, du fait d'évolutions structurelles (vieillissement de la population) et de la persistance d'une situation conjoncturelle défavorable (absence de réelle reprise économique et fort taux de chômage), faisant naître un nouveau besoin de financement. Le 29 septembre 1997, il a été décidé d'élargir la mission de la CADES au financement de 13,26 Mds d'euros (87 Mds de francs) de dette supplémentaire et de prolonger sa durée de vie de 5 ans jusqu'au 31 janvier 2014 pour lui permettre de faire face à ses nouveaux engagements.

Après une situation équilibrée les années 2000, 2001 et 2002, la Sécurité Sociale est à nouveau en déficit. La réforme de l'assurance maladie mise en place par la loi du 30 juillet 2004, prévoit le transfert à la CADES des déficits cumulés jusqu'à 2004, soit 35 milliards d'euros, ainsi que les déficits prévisionnels de 2005 et 2006 dans la limite de 15 milliards d'euros. Pour mener à bien cette mission, l'existence de la CADES, ainsi que celle de la CRDS est prolongée jusqu'à extinction de la dette. Par ailleurs, les excédents de la branche maladie seront affectés à la CADES.